Leonardo (Nicolas Cantu), Miguel Ángel (Shamon Brown Jr.), Donatello (Micah Abbey) y Rafael (Brady Noon) son un grupo de tortugas humanoides mutantes que viven junto con su padre adoptivo Splinter (Jackie Chan) en las alcantarillas de Nueva York, escondiéndose de los humanos que les temen y odian por ser diferentes. Queriendo ganar la aceptación de los humanos, las tortugas deciden ir tras un misterioso criminal conocido solamente como Super Fly (Ice Cube) y con ello ser vistos como héroes ante toda la ciudad.